Im Verhältnis zum Binnenland kommen nur recht wenige Pflanzenarten mit den extremen Standortbedingungen am Meer zurecht. Neben den großen Schwankungen in allen Temperatur- und Lichtverhältnissen sowie dem starken Wind ist es vor allem die Zeit der Wasserbedeckung, die es vielen Pflanzen schwer macht, hier zu existieren. So kommt im Watt selbst nur das Seegras vor. Erst weiter landeinwärts,
etwa ab der Hochwasserlinie, siedeln Quelier und Englisches Schlickgras. Mit zunehmender Entfernung vom Meer folgen dann geschlossene Pflanzenbestände. Die Algen kommen nur unter Wasser vor. Da ist einmal der braune Blasentang, der häufig auf Muschelbänken zu finden ist. Daneben sind besonders die Mikroalgen zu nennen. Sie bilden, teils als Plankton, teils auch als bräunlicher Bodenbelag, die eigentliche Nahrungsgrundlage allen Lebens im Wasser. Das pflanzliche Plankton im Watt ist so zahlreich wie fast nirgendwo sonst in den Weltmeeren.